הניתוח מתבצע במרפאה בתנאי חדר ניתוח סטרילי. ההשתלה היא ניתוח הרגיש ביותר לזיהום וחשוב ביותר שהציוד, החומרים ואזור הניתוח יהיו סטריליים. מבוצע אלחוש מקומי במטרה "להרדים" את אזור הניתוח. מקרים בהם זקוקים להרדמה כללית הופכים לנדירים יותר ויותר, גם במקרים מורכבים יותר.
המטופל מכוסה בכסויים סטריליים ואיזור הפה עובר חיטוי. לאחר מכן מתבצע חתך דרך הרקמה העוטפת את העצם בלסת (חניכיים) והשתלים מוחדרים אל עצם הלסת. לאחר מכן נתפר איזור הניתוח. המטופל נח מעט בחדר ההמתנה ולאחר מתן הוראות "תעשה ואל תעשה" לימים הקרובים המטופל משוחרר לביתו.
מה מותר ומה אסור?
בניגוד לדעה הרווחת, תופעות הלוואי אחרי השתלה אינן קשות. בדרך כלל התופעות מינימליות ביותר ! יתכן ויש יש מעט נפיחות ומעט כאב ותו לא. ככל שניתוח היה מורכב יותר, צפויות יותר תופעות לוואי. לעיתים יש גם שינוי צבע בעור עקב שטף דם מקומי (צבע כחול-ירוק המשתנה לצהבהב). הנפיחות חולפת בדרך כלל אחרי שלושה ימים עד שבוע, ושינויי הצבע , אם ישנם, מתקיימים עוד כשבוע לערך. כמובן יש לנהוג על פי הוראות הרופא. יש להקפיד על כלכלה רכה ולא חמה לתקופה מוגבלת (מיום עד מספר ימים), לקחת תרופות שנרשמו, כולל משככי כאבים בשעת הצורך ואנטיביוטיקה ולא להפריז במאמצים בימים הסמוכים לניתוח. פרט לזאת – אין מגבלות מיוחדות.